マイナンバーカードと紐付けしたアプリのみの提示で局留めは受け取れますか？私情によりマイナンバーカード本体を持っていなくて…

「アプリ」も「局留め」も駄目です。郵送の場合、住所登録のある自宅へ、「簡易書留」で送られますので、本人が受け取ることになります。 本人確認できる身分証明書を提示してください。

駄目です。 アプリでは本人確認書類にはなりません。 iPhoneではマイナンバーカードを取り込めますが、使えるのはあくまでそれに対応したサービスだけです。 専用アプリで本人確認情報を読み取りますから、対面で画面を示しても駄目です。