5ナンバー、3ナンバーのミニバンは3列目を取り払って2列にすると4ナンバーになってしまうのか？

無理じゃないかなぁ。 https://www.japan-relief.jp/column/logistics/1109/ 荷物を載せるということで、床面積の問題もありますし、それだけの重量を積載して問題がないかという問題があります。 車体の強度計算が必要ということになりますよね。

3ナンバーのミニバンを商用車にすると1ナンバーになりますね。 3列目を取り払うだけでなく2列目をかなり前にずらし、シートバックも かなり立てた位置で固定するなど、荷台の方が広いと認められるような処置が 必要です。毎年車検になったり重量税の計算方法が変わるなどもあれます。

よっぽど貨物登録にはならないです。 2列目が相当前に出てる車種があればそうなるでしょうけど、一般的には足を組めるくらいに足元が広いクルマがほとんどなので、ただ3列目を外しただけだと「荷室＞客室」になりません。 貨物登録の条件を満たさないので、ただ乗車定員が変わるだけです。 3～4名定員（2列目の片方だけ外すなど）になると、他にも条件はありますが貨物登録となる可能性が出てきます。 2名定員はほぼ無条件で貨物登録になります。

勝手になるわけではないですけどね 条件満たせば４ナンバーに『できる』だけです。