早朝から仕事がある日に体調不良になって欠勤する場合上司への連絡は電話ではなくメールですべきですか？上司を叩き起してでも電話で連絡するべきですか？

仕事の内容によると思います。 あなたが居なければ仕事がとまって、顧客に迷惑をかけてしまい、代役を用意しなければいけないような重要な仕事であれば、たたき起こすべきです。 あなたの責任感の強さが逆に評価されるかもしれませんよ。 大したことない仕事なら、メールを打って証拠を残して、会社の始業前に電話するのが良いと思います。