シャーマンキングの漫画を購入したのですが、購入した後に講談社版というものがあると知って自分が購入したのは集英社版だったのですが、何か違いはありますか？

いろいろ違いがあります。 集英社JC版はそもそも打ち切りで未完です。 その後出た集英社完全版はストーリー最後まで描かれています。 さらにその後SJR（集英社ジャンプリミックス）版、いわゆる廉価版が出て、そこにちょっとだけ描き下ろし漫画が描かれています。 で、講談社版は、大雑把に言えば完全版＋SJR描き下ろし漫画が収録されて、完全版にあったキャラ設定画のページが無くなった物と考えてください。 細かい部分を言えば色々違いがあるみたいなのでガチファンは全て揃えた上で、それに加えてSJR版「仏ゾーン」（シャーマンキングに関連する描き下ろし漫画がある）も購入って感じです。

特に違いはないです。