そろそろマイナンバーの更新の期限なんですけど、申請をしてる間電子証明書が使えないとかありますか？

仰るとおり、使えません（マイナ保険証は有効期限を過ぎても3ヶ月間はを利用可）

マイナンバーカードの有効期限までは問題なく使えます。 電子証明書の更新ですが、カードを作ったときに未成年であれば有効期限が5年のため、更新はありません（カード自体の更新になります）

ありません。更新申請中でも、電子証明書の有効期限が残っていれば問題無く使えます。

申請中でも、有効期限が切れていれば使えませんよ。 ただ、顔認証でのマイナ保険証としては３か月間は使えます。