地方公共団体情報システム機構（J-LIS）は2016年12月12日、マイナンバーカード管理システムで発生したシステム障害について、発注先の5社コンソーシアム（NTTコミュニケーションズ、NTTデータ、NEC、日立製作所、富士通）に1億9450万円の費用負担を求めると発表した（表）。
システム障害は、富士通が担当した「中継サーバー」で発生した。J-LISが肩代わりしていたサーバー監視費用150万円は富士通が負担する。残りの1億9300万円は5社が分担するが、富士通の負担比率が高いとみられる。
同社は「守秘義務の関係上、詳細は答えられないが、費用負担について真摯に対応する」（広報IR室）としている。管理カードシステム全体の発注金額は約69億円（関連記事：マイナンバーの生成システムは69億円で構築、NTTコムなど「大手5社連合」が落札）。うち中継サーバーの構築費用は約2億8000万円だった。
中継サーバーでは稼働直後の1月中旬から断続的に障害が発生。地方自治体の窓口でカードを交付できなかったり、交付処理に時間がかかったりする影響が出た（関連記事：マイナンバー「カード管理システム」で6回の障害、入り口でつまずき、監視強化以外に打つ手なし）。
原因を特定・公表したのは4月27日で、収束まで約3カ月を要した（関連記事：マイナンバーカード管理システムの不具合、J-LISが障害原因を特定）。その後も申請済みカードの滞留は続き、総務省が「滞留解消」を宣言したのは12月2日のことだ。
J-LISは原因特定後の5月ごろ、5社と費用負担について協議を始めたが、最終決着までに7カ月を要した。「障害との因果関係を立証できる費用の範囲を確定するのに時間を要した」（情報化支援戦略部）という。
負担額のうち、9300万円は発注契約上の「瑕疵担保責任」に基づく。納品したシステムが仕様どおりに機能しない瑕疵（欠陥）があった分を負担する。うち8300万円は障害原因究明のためのログ解析費用である。
