対艦ミサイル発車する時にトマホークとハープーンミサイルがあった場合どちらを選択するのでしょうか ？両者に明確な違いがあるのでしょうか？

細かな条件が無い前提で、両方持っているとした場合はトマホークでしょう。 理由はトマホークの方が威力がデカいから。 細かい条件を無視して考えれば、その時持っている最強の武器を使うのが当たり前のはずですから、トマホークを選択するはず。 それだけの単純な理由から推測しました。

相対距離によって切り替えると思われます 射程はあっても、速度が遅いトマホークは比較的、被迎撃率が上がります。 用途に応じ多目的な多種類なトマホークは使い勝手はいいのでしょうが ハープーンと性質が異なる部分があり 対艦攻撃のみに特化したハープーンは、射程が短い分、高速で被迎撃率が少ない可能性を高いです。 また、海軍戦術データシステムとリンクし、ミサイルの攻撃行動を最適化させる機能の有無があり、そこがトマホークと異なるところです。 主力となってるトマホーク block Ⅴaは海軍向けの対地/対艦兼務の能力ですが GPS, INS（慣性航法システム）、 TERCOM（地形等高線照合装置） DSMAC（デジタル式情景照合装置） の誘導方式をとってますよ

射程が大幅に異なります。 ハープーン（120～240km） トマホーク（1600km） トマホークの対艦用の最新型はⅤａで、ハープーンと同等のシーカーを搭載していたⅠ(TASMモデル)よりアップグレードされており、価格が高いことを除けば射程と弾頭規模で勝り、命中精度も遜色ないとされいています。 脅威度の低い接近リスクの少ない目標にはハープーン。 防空能力、対艦能力に優れた脅威度の高い目標（現在の仮想標的は中国海軍）にはトマホークⅤａを使うのが米軍の想定用法です。

違いを上げます トマホーク ・対地攻撃用 ・長射程（１５００～３０００ｋｍ） ・ＧＰＳ＋地形誘導（画像照合型） ・１発あたり３億円 ハープーン ・対艦攻撃用 ・比較的短射程（１５０ｋｍ） ・ＧＰＳ誘導＋自立レーダー誘導 ・１発あたり１・５億円 誘導性から洋上で動く目標に対してはハープーンの方が信頼性が高い。