女の子二人、男の子一人の姉弟で 男の子だけ身体に障害がある場合 染色体のためですか

それだけでは分かりません。

家族性の染色体異常かと言うの質問でしょうか？ 可能性としてはかなり少ないです。 身体障害の場合、生まれたときの酸素供給などが原因の脳性まひの割合が高く染色体が原因の割合は低めです。 また、さらにその中で家族性の染色体が原因の割合は少ないです。

全く無関係の方が多いんじゃないですか

男の子だけに障害が出る場合、X染色体に関係する遺伝性疾患の可能性があります。 必ずしも染色体異常とは限らず、遺伝子レベルの異常のこともあります。 染色体・遺伝子検査をしないと正確にはわかりません。