結合部位
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生化学および分子生物学において、結合部位（けつごうぶい、英: Binding site）は、他の分子と特異的に結合するタンパク質などの高分子上の領域である[1]。高分子の結合相手は、しばしばリガンドと呼ばれる[2]。リガンドは、他のタンパク質（タンパク質-タンパク質相互作用をもたらす[3]）、酵素基質[4]、セカンドメッセンジャー、ホルモン、またはアロステリック調節因子[5]を含むことができる。結合事象は、常にではないが、タンパク質の機能を変化させるコンホメーション変化を伴うことがよくある[6]。タンパク質の結合部位への結合は、ほとんどの場合は可逆的（一過性および非共有結合）であるが、共有結合的な可逆的[7]または不可逆的[8]でありうる。
- ^ “Binding site”. Medical Subject Headings (MeSH). U.S. National Library of Medicine. 2020年7月25日閲覧。 “The parts of a macromolecule that directly participate in its specific combination with another molecule.”
- ^ “Ligands”. Medical Subject Headings (MeSH). U.S. National Library of Medicine. 2020年7月25日閲覧。 “A molecule that binds to another molecule, used especially to refer to a small molecule that binds specifically to a larger molecule.”
- ^ Amos-Binks A, Patulea C, Pitre S, Schoenrock A, Gui Y, Green JR, Golshani A, Dehne F (June 2011). “Binding site prediction for protein-protein interactions and novel motif discovery using re-occurring polypeptide sequences”. BMC Bioinformatics 12: 225. doi:10.1186/1471-2105-12-225. PMC 3120708. PMID 21635751.
- ^ Hardin, Charles C.; Knopp, James A. (2013). “Chapter 8: Enzymes”. Biochemistry - Essential Concepts. New York: Oxford University Press. pp. 51–69. ISBN 978-1-62870-176-0
- ^ Kenakin TP (April 2016). “Characteristics of Allosterism in Drug Action”. Allosteric Receptor Modulation in Drug Targeting. CRC Press. p. 26. ISBN 978-1-4200-1618-5
- ^ Spitzer R, Cleves AE, Varela R, Jain AN (April 2014). “Protein function annotation by local binding site surface similarity”. Proteins 82 (4): 679–94. doi:10.1002/prot.24450. PMC 3949165. PMID 24166661.
- ^ Bandyopadhyay A, Gao J (October 2016). “Targeting biomolecules with reversible covalent chemistry”. Current Opinion in Chemical Biology 34: 110–116. doi:10.1016/j.cbpa.2016.08.011. PMC 5107367. PMID 27599186.
- ^ Bellelli A, Carey J (January 2018). “Reversible Ligand Binding”. Reversible Ligand Binding: Theory and Experiment. John Wiley & Sons. p. 278. ISBN 978-1-119-23848-5
- ^ Xu D, Jalal SI, Sledge GW, Meroueh SO (October 2016). “Small-molecule binding sites to explore protein-protein interactions in the cancer proteome”. Molecular BioSystems 12 (10): 3067–87. doi:10.1039/c6mb00231e. PMC 5030169. PMID 27452673.
- ^ Wilson K (March 2010). Principles and Techniques of Biochemistry and Molecular Biology. Cambridge University Press. pp. 581–624. doi:10.1017/cbo9780511841477.016. ISBN 9780511841477
- ^ Ahern, Kevin (2015). Biochemistry Free For All. Oregon State University. pp. 110–141
- ^ Kumar AP, Lukman S (2018-06-06). “Allosteric binding sites in Rab11 for potential drug candidates”. PLOS One 13 (6): e0198632. doi:10.1371/journal.pone.0198632. PMC 5991966. PMID 29874286.
- ^ a b Wilson K (March 2010). Principles and Techniques of Biochemistry and Molecular Biology. Cambridge University Press. pp. 581–624. doi:10.1017/cbo9780511841477.016. ISBN 9780511841477
- ^ Dobson, C M; Gerrard, J A; Pratt, A J (2008). Foundations of chemical biology. Oxford University Press. ISBN 9780199248995. OCLC 487962823
- ^ Azzaroni, Omar; Szleifer, Igal (2017-12-04). Polymer and Biopolymer Brushes. doi:10.1002/9781119455042. ISBN 978-1-119-45501-1
- ^ Dictionary of Food Science and Technology (2nd Edition). International Food Information Service. (2009). ISBN 978-1-4051-8740-4
- ^ Hardin, Charles C.; Knopp, James A. (2013). “Chapter 8: Enzymes”. Biochemistry - Essential Concepts. New York: Oxford University Press. pp. 51–69. ISBN 978-1-62870-176-0
- ^ Clarke, Kim Gail (2013). Bioprocess engineering. Woodhead Publishing. pp. 79–84. doi:10.1533/9781782421689. ISBN 978-1-78242-167-2
- ^ a b Wilson K (March 2010). “Enzymes”. In Wilson, Keith; Walker, John (英語). Principles and Techniques of Biochemistry and Molecular Biology. Cambridge University Press. pp. 581–624. doi:10.1017/cbo9780511841477.016. ISBN 9780511841477 2018年11月1日閲覧。
- ^ Schaschke, Carl (2014). Dictionary of Chemical Engineering. Oxford University Press. ISBN 978-1-62870-844-8
- ^ Morris, James (2016). Biology How Life Works. United States of America: W.H. Freeman and Company. pp. 787–792. ISBN 978-1-4641-2609-3
- ^ Hardin, Charles C.; Knopp, James A. (2013). “Chapter 8: Enzymes”. Biochemistry - Essential Concepts. New York: Oxford University Press. pp. 51–69. ISBN 978-1-62870-176-0
- ^ Hardin, Charles C.; Knopp, James A. (2013). “Chapter 8: Enzymes”. Biochemistry - Essential Concepts. New York: Oxford University Press. pp. 51–69. ISBN 978-1-62870-176-0
- ^ Konc J, Janežič D (April 2014). “Binding site comparison for function prediction and pharmaceutical discovery”. Current Opinion in Structural Biology 25: 34–9. doi:10.1016/j.sbi.2013.11.012. PMID 24878342.
- ^ Fuqua, Clay; White, David (2004). Prokaryotic Intercellular Signalling. Springer Netherlands. pp. 27–71. doi:10.1007/978-94-017-0998-9_2. ISBN 9789048164837
- ^ Creighton, Thomas E. (2010). The Biophysical Chemistry of Nucleic Acids & Proteins. Helvetian Press. ISBN 978-0956478115. OCLC 760830351
- ^ Creighton, Thomas E. (2010). The Biophysical Chemistry of Nucleic Acids & Proteins. Helvetian Press. ISBN 978-0956478115. OCLC 760830351
- ^ Currell, Brian R; van Dam-Mieras, M C E (1997). Biotechnological Innovations in Chemical Synthesis. Oxford: Butterworth-Heinemann. pp. 125–128. ISBN 978-0-7506-0561-8
- ^ Abrusan G, Marsh JA (2019). “Ligand Binding Site Structure Shapes Folding, Assembly and Degradation of Homomeric Protein Complexes.”. Journal of Molecular Biology 431 (19): 3871-3888. doi:10.1016/j.jmb.2019.07.014. PMC 6739599. PMID 31306664.
- ^ Abrusan G, Marsh JA (2018). “Ligand Binding Site Structure Influences the Evolution of Protein Complex Function and Topology.”. Cell Reports 22 (12): 3265-3276. doi:10.1016/j.celrep.2018.02.085. PMC 5873459. PMID 29562182.
- ^ Abrusan G, Marsh JA (2019). “Ligand-Binding-Site Structure Shapes Allosteric Signal Transduction and the Evolution of Allostery in Protein Complexes.”. Molecular Biology and Evolution 36 (8): 1711-1727. doi:10.1093/molbev/msz093. PMC 6657754. PMID 31004156.
- ^ Ahern K (January 2017). “Teaching biochemistry online at Oregon State University”. Biochemistry and Molecular Biology Education 45 (1): 25–30. doi:10.1002/bmb.20979. PMID 27228905.
- ^ Hardin, Charles C.; Knopp, James A. (2013). “Chapter 8: Enzymes”. Biochemistry - Essential Concepts. New York: Oxford University Press. pp. 51–69. ISBN 978-1-62870-176-0
- ^ Anne A, Demaille C (October 2012). “Kinetics of enzyme action on surface-attached substrates: a practical guide to progress curve analysis in any kinetic situation”. Langmuir 28 (41): 14665–71. doi:10.1021/la3030827. PMID 22978617.
- ^ Morris, James R.; Hartl, Daniel L.; Knoll, Andrew H.. Biology : how life works (Second ed.). New York, NY. ISBN 9781464126093. OCLC 937824456
- ^ Spitzer R, Cleves AE, Varela R, Jain AN (April 2014). “Protein function annotation by local binding site surface similarity”. Proteins 82 (4): 679–94. doi:10.1002/prot.24450. PMC 3949165. PMID 24166661.
- ^ Peng J, Li XP (November 2018). “Apolipoprotein A-IV: A potential therapeutic target for atherosclerosis”. Prostaglandins & Other Lipid Mediators 139: 87–92. doi:10.1016/j.prostaglandins.2018.10.004. PMID 30352313.
- ^ McNamara JW, Sadayappan S (December 2018). “Skeletal myosin binding protein-C: An increasingly important regulator of striated muscle physiology”. Archives of Biochemistry and Biophysics 660: 121–128. doi:10.1016/j.abb.2018.10.007. PMC 6289839. PMID 30339776.
- ^ Widemann BC, Adamson PC (June 2006). “Understanding and managing methotrexate nephrotoxicity”. The Oncologist 11 (6): 694–703. doi:10.1634/theoncologist.11-6-694. PMID 16794248.
- ^ a b Rajagopalan PT, Zhang Z, McCourt L, Dwyer M, Benkovic SJ, Hammes GG (October 2002). “Interaction of dihydrofolate reductase with methotrexate: ensemble and single-molecule kinetics”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 99 (21): 13481–6. doi:10.1073/pnas.172501499. PMC 129699. PMID 12359872.
- ^ Widemann BC, Adamson PC (June 2006). “Understanding and managing methotrexate nephrotoxicity”. The Oncologist 11 (6): 694–703. doi:10.1634/theoncologist.11-6-694. PMID 16794248.
- ^ Frishman, William H.; Cheng-Lai, Angela; Chen, Julie, eds (2000). Current Cardiovascular Drugs. doi:10.1007/978-1-4615-6767-7. ISBN 978-1-57340-135-7
- ^ Montecucco C, Molgó J (June 2005). “Botulinal neurotoxins: revival of an old killer”. Current Opinion in Pharmacology 5 (3): 274–9. doi:10.1016/j.coph.2004.12.006. PMID 15907915.
- ^ Konc J, Janežič D (April 2014). “Binding site comparison for function prediction and pharmaceutical discovery”. Current Opinion in Structural Biology 25: 34–9. doi:10.1016/j.sbi.2013.11.012. PMID 24878342.
- ^ Roche DB, Brackenridge DA, McGuffin LJ (December 2015). “Proteins and Their Interacting Partners: An Introduction to Protein-Ligand Binding Site Prediction Methods”. International Journal of Molecular Sciences 16 (12): 29829–42. doi:10.3390/ijms161226202. PMC 4691145. PMID 26694353.
- ^ a b c d Broomhead NK, Soliman ME (March 2017). “Can We Rely on Computational Predictions To Correctly Identify Ligand Binding Sites on Novel Protein Drug Targets? Assessment of Binding Site Prediction Methods and a Protocol for Validation of Predicted Binding Sites”. Cell Biochemistry and Biophysics 75 (1): 15–23. doi:10.1007/s12013-016-0769-y. PMID 27796788.
- ^ Jones, S.; Thornton, J. M. (1997-09-12). “Analysis of protein-protein interaction sites using surface patches”. Journal of Molecular Biology 272 (1): 121–132. doi:10.1006/jmbi.1997.1234. ISSN 0022-2836. PMID 9299342.
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結合部位
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「選択的エストロゲン受容体修飾薬」の記事における「結合部位」の解説
「エストロゲン受容体」も参照 SERMは、核内受容体ファミリーに属する、細胞内のリガンド依存性転写活性化因子であるエストロゲン受容体（ER）に作用する。ERには、ERα（英語版）とERβ（英語版）という2つの異なるサブタイプが存在している。ERαは、エストロゲンのシグナルが転写レベルで伝達される主要な媒体と考えられており、女性の生殖管や乳腺で優勢なERであるのに対し、ERβは主に血管内皮細胞、骨、男性の前立腺組織に存在する。ERαとERβの濃度は、組織毎に発生、加齢、疾患等の状況で異なる事が知られている。ERαとERβの間では、サイズ（約600アミノ酸と約530アミノ酸）や構造等、多くの特徴が類似している。ERαとERβは、DNA結合ドメインでは約97％、リガンド結合ドメインでは約56％のアミノ酸配列の同一性がある。リガンド結合ドメインの主な違いは、ERαではLeu-384とMet-421が、ERβではそれぞれMet-336とIle-373に置き換えられている事で決まる。また、ERαとERβでは、N末端の違いが大きい。 DNA結合ドメインは、2つのサブドメインから構成されている。1つはDNAの認識に関わる近位ボックス、もう1つはDNA依存的なDNA結合ドメインの二量化を担う遠位ボックスである。近位ボックスの配列はERαとERβで同一であり、この事は2つのサブグループ間の特異性と親和性が類似している事を示している。DNA結合ドメインの球状タンパク質は8つのシステインを含み、2つの亜鉛イオンの四面体の配位を可能にする。この配位により、ERとエストロゲン応答要素との結合が可能となる。リガンド結合ドメインは、11本のヘリックスからなる球状の3層構造で、天然または合成のリガンドを入れるポケットがある。結合親和性に影響を与える因子は、主にフェノール部位の存在、分子の大きさと形状、二重結合、疎水性である。 リガンド結合ドメイン内の活性化機能2（AF-2）ヘリックス12が、結合したリガンドによってどのような位置関係になるかによって、そのリガンドが作動作用を持つか、遮断作用を持つかが決まる。作動薬が結合した受容体では、ヘリックス12はヘリックス3と5に隣接して配置される。また、ヘリックス3、5、12は、LXXLL（Lはロイシンまたはイソロイシン、Xは任意のアミノ酸を表す）という正規の配列を持つ補助活性化因子に含まれるNRボックスモチーフの結合面を形成している。アポ状態（リガンド非結合）の受容体や遮断薬リガンドと結合した受容体は、ヘリックス12をLXXLLの結合面から遠ざけ、補助抑制因子であるNCoR1（英語版）やSMRT（英語版）に存在するより長いロイシンリッチモチーフであるLXXXIXXX(I/L)と優先的に結合するようになる。さらに、いくつかの補酵素は、末端、DNA結合部位、または他の結合部位を介してERに結合する。このように、ある化合物は、補助活性化因子が多く存在する組織ではER作動薬となり、補助抑制因子が多く存在する組織ではER遮断薬となる事がある。
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