【本書面到着後、7日以内にご返済】という配達証明について質問。 9/26に不在票が入っており、再配達で28日に受取りました。 この場合は9/28から7日以内になりますか？

最初の配達に来たときからになります。 不在票での再配達からではない。 ゆえに26日から。 そうでなくとも10月5日時点で８日投稿でも期限切れになっています。 何故早く支払いしなかった？

以下、配達証明ではなく内容証明の解説ですが、実際に受け取った日からでいいようです。 https://mikata-ins.co.jp/lab/naiyoshomei/072525/#index_id1 >> 返送された場合、法律的には原則として「到達していない」とみなされ、 （中略） 仕事による長期不在・病気や入院等で受け取れなかった場合は正当な理由として扱われ、 <<

それでいいと思います。