ミニレターをポストに投函したのですが厚さが1センチ以上との事で返ってきました。 一緒に55円不足ですと書かれた紙も送られてきたのですが郵便局で55円を払えばミニレターのまままた送れますか？

55円分の切手(それ以上でも可)を貼ればポスト投函してもOKです。郵便局の窓口で55円を支払って出すことも可能です。

日付印がまだきっと押されていないので、差額を払えばそのまま出せますよ。 55円払えば郵便局でその分を貼ってくれます。