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データを暗号化すると，データが漏洩しても情報を保護できるという効果がある。主要なDBMS（データベース管理システム）は，内部に格納するデータの暗号化機能を備える。DBサーバーに不正アクセスされた場合に効果を発揮するが，デメリットが大きすぎて，実質的に使ってはいけない技術だった。
主なデメリットとして，処理性能の低下，開発と運用の負担増が挙げられる。データを暗号化すると，更新系では暗号処理，参照系では復号処理が必要になる。そのうえ，暗号化したカラムにはインデックスを設定できなかったり，設定できても効果的に働かなかったりした。結果的に，データを暗号化するとスループットが数分の1～十数分の1に低下してしまう。
暗号機能を利用するアプリケーションの開発は，利用しない場合に比べて煩雑になる。運用面では暗号鍵の管理が難しい。例えばOracle Database 10gやSQL Server 2005では暗号鍵が定期的に失効するので，その更新が必要になる。そのたびに古い暗号鍵でデータを復号し，新しい暗号鍵で暗号化し直さなければならない。
しかし，この状況も変わりつつある。例えば，「Oracle Database 10g R2 Enterprise Edition」にはデータ暗号の新機能として「Transparent Data Encryption」が搭載され，暗号鍵の管理が自動化されたほか，効果的なインデックスを張れるようになった（範囲検索で使えないなどの制限はある）。テーブル作成時に暗号化するカラムなどを指定すると，通常通りにSQL文を発行するだけで自動的にデータが暗号化され復号される。
また，暗号専用装置（米Ingrian Networksの「DataSecure Platform」や米nCipherの「SecureDB」など）を利用すれば，暗号/復号負荷を切り離し，DB管理者による暗号鍵の改竄を防げる。
