MC18 ‘89NSR250RとNC30 VFR400R 維持していくなら どちらの方がマシですかね？

マシと言うか、まだ楽なのはVFRだと思います。

V4エンジンお断りのショップは結構ありますよ。整備性が極悪なので一般のショップでは嫌がられます。それぞれ専門店や得意なショップがあるので探してみては？

利用するショップ次第だと思います。