小説の文学賞って、USBメモリに保存してる原稿からファイルを選択で応募したんでいいんですよね？デスクトップ？ではなくUSBメモリに保存してるんですけど。

応募を受け付ける側では、送られてくる作品がいろいろなスタイルになっているとわずわらしいですから、応募する際のルールが決められているはずです。現在保存されているハードは何でもいいので、相手が読める書式やファイル形式になっているかを気にしてください。

どこに保存していようが関係ありません。 向こうが指定したファイル形式で送ったなら問題ありません。 簡単に言えば、 鞄に書類を入れて持って行った、 ポーチに書類を入れて持って行った、 提出さえしたらそんなもん関係無いです。