『お客様に販売終了の旨お伝えしてください』は変ですか？旨の使い方がわからないのでお願いします

おかしくありません。「○○の旨」は「○○ということ」とほぼイコールです。

大丈夫ですよ。旨は主旨という言葉が あるように「内容」とか「中心」と 言う意味があります。 「その旨伝えて」なら「その内容伝えて」 と言う事です。