で、そのうえで、現状どのように解決していくかを考えてみる。
1■気にしない
究極にしてわかりやすいとっておきの方法。
気にするな！ 字形の違いなんて一時の気の迷いに等しい！
気のせいってことにしとけ。
……無理か orz
2■メイリオ・MSゴシック/明朝 Ver5.0を利用しない
MSからは「Vista向けにJIS90採用のMSゴシック/明朝（Ver2.5）を、XP向けにはJIS2004採用のMSゴシック/明朝を提供する」とアナウンスされてます。時期としては1/30のVistaパッケージリリース以降。
しかし、入力側が必ずしもXPではないこと、むしろJIS2004採用のVistaが現状で少数派と考えると、VistaをMSゴシック/明朝のVer2.5に差し替えて入力用に利用、もしくはOS標準のフォント以外を利用する（2007 Office systemにもHG書体は付属してるので、それが一番てっとり早そう）ことで、JIS90字形標準で入力、必要に応じて字形の指示を別途指す、旧来の方法を踏襲するやり方。
今のところ、ある意味一番楽な方法ではないかと。
3■Adobe-Japan 1-5/1-6を利用する
これは、受け手であるDTP側の措置方法。
Adobe-Japanには、現状で1-0から1-6までの7バージョン策定されていて、1-6ではJIS X 0213:2004に対応の予定。というか策定は終わってるはずなので確定してるはず。
ただ、現状ではまだ1-6完全準拠のフォントは世の中に出回っていないので、それを待つしかない……というわけにもいかないので、現状の暫定措置としてAdobe-Japan 1-5を利用します。
Adobe-Japan 1-5は、内包しているうCMapにもよりますが、jp04タグを実装したフォントであればJIS X 0213:2004への異体字切り替えが可能（全部じゃないですが）なので、結果として「印刷標準字体」に対応していることになります。なので、InDesign CS2などでAdobe-Japan 1-5対応書体を見るとこんな感じに。
InDesignの字形パレットで見ると、CID:08267「辻」の二点しんにょうには「jp04」のタグが付随してます。このタグが付いてている場合、
文字を選択（面倒なら段落全体を範囲選択でも可）したうえで、字形パレットから「印刷標準字形」を選択することで、
JIS2004と同じ字形で表示されましたー。ちなみに1-4書体では当然こういうことは不可能なので、一緒に並べておいたMB31 Proや小塚ゴシックRではできてません。
もっとも、1-4書体などでも「jp78」（JIS78）タグが付随しているので、そちらで代用してもいちおうは大丈夫かと。ちょっと関連が面倒になるから個人的にはちとアレだけど。
ちなみに、このへんはJAGATのサイトにちょっと詳しい記述があります。Adobe-Japanの話としてはある意味、公式見解であるものとも考えられ。
日本語文字セットとフォントの新しい環境
あと、いくつかのサイトやWikipediaなどで見られる記述として「Vista標準フォントはAdobe-Japan 1-6準拠」という点。ただこれは確証が得られないのでここでは触れません。まあ、同じ規格による文字セットであれば互換があって当たり前だけど。
ともあれ、将来的には1-6準拠のOpenTypeを利用するのが望ましいと言えるでしょう。そのぶん多少の投資なりが必要になるけど必要措置だし。
3-B■強制的に字形を（コードごと）入れ替える
これも、受け手であるDTP側の措置方法ですが、ちょっと強引な方法。なので3-B。
InDesign CS/CS2のみ前提でこんなプラグインを使います。
フォントワークス 字形変換ツール『舞字形』を発表
字形変換ツール『舞字形』Adobe InDesign CS2対応版
販売開始のご案内
（フォントワークスジャパン）
こちらの場合、プリセットもしくはカスタマイズで用意しておいた変換テーブルを元にして強制的に別コードに置き換えてしまおう、という仕組み（だったはず）によって、任意の字形で組版してしまうツールです。そのために確認用の各種補助ツールも用意されているっぽいです。
ただ……あとでテキストの再利用を考えるとちょっと大変かもとか思ったり。
その他、某組版専用ソフトでは「文字コードはそのままで、組版処理だけ別字形で置換出力する」という機能を備えてたり。これも強制処理という点では似てます。文字コードまで触らないので後々ラクだけど。
そんな感じで、とりあえずは文字コードを書き換えないことを前提に考えると、2か3が無難だと思います。コードを変えてしまう場合、データの再利用（データ交換）を考慮すると再変換処理をかける必要があるなど、面倒になりかねないという問題が生じる可能性も高いので、それはあまりお薦めできないというかしたくなかったり。データである限り、実権を握るのはあくまでも「表だって目に見えない文字コード」と考えたほうが、運用上は比較的ラクです。
つーか文字コードレベルでいろいろ置き換えると、むしろ把握しづらくなるだけで大変です。ええ大変ですったら。自分でCMap作るって話になりかねんですよもう。
※じつは適宜書き換えしまくり。
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