京王線→JR→新幹線→JRと乗り換えをします。ICカードで京王線に乗り、JR乗り換えの改札ではここまで使ったICカードと新幹線のチケットを入れればいいのでしょうか？ また新幹線のチケットは2枚ありましたが両方入れるのでしょうか？ 初歩的な質問で申し訳ございませんがお答えいただけると助かります。

京王線とJRの「乗り換え専用改札」のある駅では「乗車券のみ投入し、すぐにICタッチ」で乗車券を受け取りJRの改札に入ります。 新幹線の乗り換え改札では乗車券と新幹線の特急券を一緒に投入して改札内に入ります。 新幹線下車駅では新幹線改札に乗車券と新幹線の特急券を一緒に投入して乗車券だけ出てくるので引き続きそれで在来線に乗車します。

「JR乗り換えの改札」と仰るので、 新宿か分倍河原か高尾なのかと思います。 乗り換え専用の改札を通るなら、 JRの乗車券を通してICカードをタッチ これで京王の分は精算完了です。 そこから新幹線乗り換え駅までその乗車券で移動し、 そこで新幹線乗り換え改札にて乗車券と新幹線特急券を重ねて通す。 これで新幹線に乗車する。 新幹線到着駅で乗車券と新幹線特急券を重ねて通すと、 新幹線特急券は回収されるので、 あとは戻ってきた乗車券で目的地まで移動する。 という流れです。

いいえ。 「乗車券のみを投入⇒ICカードをタッチ」です。 きっぷとICカードを併用する場合、使用順序に関係なくこの順になります。 なお、新幹線は「JR」です。 分けて書きたいなら「在来線」としてください。(新幹線の対義語は在来線です)

乗車券だけを 改札機に入れて すぐにICカードをタッチする 乗車券は 出てきますので 取り忘れに注意してください

ICカードは改札機に入れません。タッチして利用するものです。 乗車券と特急券を重ねて乗換改札機に入れ、間髪を入れずにICカードをタッチしてください。