Suica型の定期券を持っているのですが、定期範囲よりも先の駅に行く時はSuica内から差額が引かれるだけですか？それともまた別の手順がありますか？ 例 大宮⇆池袋の定期で新宿に行く時など

運賃差額ではなく「池袋から新宿の運賃分」がチャージから引かれます。

チャージさえしていれば、例えば埼京線や新宿湘南ラインで、池袋で途中下車などすることなくそのまま大宮から新宿まで行けます。

差額ではなく、乗り越し区間の運賃が引かれます。 それが嫌なら、事前に乗り越し区間の乗車券を購入(指定席券売機か、えきねっと)して、有人改札で処理してください。