カフェ喫茶店で開店時間過ぎて外で待っているのに、愛想のない対応で「準備が遅れています」と掃除を続けている店員に、一言文句を言うのは非常識ですか？

非常識ではないと思います。 店側の事情はお客様には無関係です。 しかも外で待っていると認識しているのであれば、 愛想のない対応が非常識です。 愛想の有無は、彼方の言い分であり、 店員さんにしてみれば、全力のお愛想だと言われればそれまでです。 正当なクレームならば文句ではありません。 店側が真摯に受け止めれば、開店時間を遅らせる事は失くせると思います。 店側にもとっても、客が減るのは困ると思います。 サービス業ですからね。 お客様に心地よい場所を提供せねばなりません。