ディフューザーの瓶を洗って乾かしていたのですが、大きめの瓶なので下の方が乾かず、、少し濡れてますが詰め替えても大丈夫ですか？完全に乾いてからの方がいいのでしょうか？

完全に乾いてからにしてください。 水分が混ざることで揮発・拡散が阻害されたり、液剤自体変質する、雑菌が繁殖する、なんてことになるらしいですよ。 口が狭い瓶は底のほうがなかなか乾きませんよね、 ドライヤーの熱風をしばらくかけて、次の日は乾いてた、という経験をつい最近しました。