アルゴリズムè¨è¨ˆ 講義資料 2005
Algorithm Design Course Materials 2013 Oct 7: Introduction and Computational Complexity Oct 15: Search Trees Oct 21: Combinatorial Optimization Oct 28: Heuristic Search Nov 5: Text Search Nov 11: Data Compression Nov 18: Memory Management Nov 25: Graph Algorithms 1/2 Dec 2: Graph Algorithms 2/2 Dec 9: Computational Geometry Dec 16: Concurrency Control Jan 15: Canceled Jan 20: Clustering Course Pro
BWT 㨠PPM - naoyaã®ã¯ã¦ãªãƒ€ã‚¤ã‚¢ãƒªãƒ¼
Burrows Wheeler Transform (BWT, Block-sorting) 㨠Prediction by partial matching (PPM) ã¯æœ¬è³ªçš„ã«åŒã˜äº‹ã‚’ã‚„ã£ã¦ã„ã‚‹ã€ã¨ã„ã†ãŠè©±ã§ã™ã€‚ 先日 Managing Gigabytes ã‚’èªã‚“ã§ã„ãŸã¨ã“ã‚ã€P.69 㧠"block sorting is very closely related to the PPM* method, which is a variant of PPM that allows arbitrary-length contexts." ã¨ã„ã†è¨˜è¿°ãŒã‚ã‚Šã€ã©ã†ã«ã‚‚æ°—ã«ãªã£ãŸã®ã§èª¿ã¹ã¦ã¿ã¾ã—ãŸã€‚ サマリã¨ã—ã¦ã¯ã€BWT 㨠PPM ã®ä¸€ç¨®ã§ã‚ã‚‹ PPM* ã¯ã„ãšã‚Œã‚‚文脈ã‹ã‚‰æ¬¡ã®1æ–‡å—を一æ„ã«æ±ºå®šã™ã‚‹ã¨ã„ã†æ¦‚念ã§è¦‹ã‚‹ã¨æœ¬è³ªçš„ã«åŒã˜ã“ã¨ã‚’ã‚„ã£ã¦ã„ã‚‹ã¨è¨€ãˆã‚‹ã€ã¨ã„ã†ã¨ã“ã‚ã§ã™ã€‚ BWT ã®ã‚ら
Burrows Wheeler Transform 㨠Suffix Array - naoyaã®ã¯ã¦ãªãƒ€ã‚¤ã‚¢ãƒªãƒ¼
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ブãƒãƒƒã‚¯ã‚½ãƒ¼ãƒˆã€ãƒ–ãƒãƒƒã‚¯ã‚½ãƒ¼ãƒ†ã‚£ãƒ³ã‚°ã€Burrows-Wheelerå¤‰æ› (Burrows-Wheeler Transform; BWT) ã¯ã€1994å¹´ã«ãƒžã‚¤ã‚±ãƒ«ãƒ»ãƒãƒãƒ¼ã‚º (Michael Burrows) ã¨ãƒ‡ãƒ“ッド・ホイーラー (David Wheeler) ãŒé–‹ç™ºã—ãŸå¯é€†å¤‰æ›ã®æ–¹å¼ã§ã€ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿åœ§ç¸®ã®å‰å‡¦ç†ã«å¿œç”¨ã•ã‚Œã‚‹ã€‚ ブãƒãƒƒã‚¯ã‚½ãƒ¼ãƒˆè‡ªä½“ã¯ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿ã®å¤§ãã•ã‚’変ãˆãªã„。ã—ã‹ã—ã€ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿ã‚’整列ã™ã‚‹ã“ã¨ã§ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿ä¸ã«å‡ºç¾ã™ã‚‹ãƒ‘ターンをã€ã„ãã¤ã‹ã®ã‚ˆã知られã¦ã„る手法ã§åœ§ç¸®ã—易ã„ã‚‚ã®ã«ã§ãる。後処ç†ã¨ã—ã¦Move To Front (MTF)・連長圧縮 (RLE)・エントãƒãƒ”ー符å·ã¨çµ„ã¿åˆã‚ã›ã¦ã€ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿ã‚’圧縮ã™ã‚‹ã€‚ 実装ã¯bzip2ç‰ã€‚ é•·ã• n ã®ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿ã‚’巡回シフトã—ã€å¾—られるã™ã¹ã¦ã®æ–‡å—åˆ—ã‚’è¾žæ›¸é †ã«ã‚½ãƒ¼ãƒˆã™ã‚‹ã€‚ã“ã®ã‚ˆã†ã«ã—ã¦ã§ã㟠n×n 行列ã®ç¬¬ n 列をå–り出ã—ãŸã‚‚ã®ãŒã€BWT系列ã§ã‚ã‚‹
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