普通

長い中性子

ネタバレ注意：長い中性子を使ってマクロ球に出るわけですが、これは例えて言うならワンのイカさんたちが絨毯から出て外の海に自分のコピーを送り出すようなもんです。絨毯がたまたま平面でなく端がつながって円筒になっちゃって、絨毯宇宙が変になる現象をイカが観測し、このことから絨毯の外の空間てのを考える理論でうまく説明できそうだとイカが考えます。そして高分子ブロックを特定の並べ方にして絨毯を作ると外の世界で見て特定の形に絨毯が折れ曲がり、それによって外の世界に影響を与えることが出来る、と発見します。そしてものすごい工夫をして外の世界にポリスを作ります(無理っぽいけど^^;)。

タンパク質の折りたたみ問題

長い中性子は、タンパク質の折りたたみ問題と密接な関係があります。参考リンク→http://sci-tech.ksc.kwansei.ac.jp/~segawa/ProteinFold.htm

長い中性子は他の宇宙Ｕをたくさん通りつつウニョウニョと曲がりくねってます。FBFBの並び方によって特定の形に超宇宙でなっていて、これをU* から見ると（縦読み）、 U*での粒子発生器になってるということで、長い中性子の口をバンバン叩くとこれがU* でブルブル震えて U*の素粒子を発生させるという感じです。

埋めこまれたもの

英語で Embedded、巻末用語集の「埋めこみ」にいちおう説明があります。感じとしては、ぐにゃぐにゃした空間を、もっと次元の高いまっすぐな空間の中のぐにゃぐにゃした曲面として考える、てなイメージでしょうか。

トランスミューター

英語の意味としては、以下を参照 http://www.m-w.com/dictionary/transmutation
transmute で一般に変質、変化させるという意味。トランスミューテーションだと錬金術で卑金属を貴金属に変化させる、あるいは核反応によって元素を別の元素(あるいは同位体)に変化させる、という意味があります。