z1000やcb1000に乗っている人がmt09に乗ると100ccの差を感じるのでしょうか？それとも変わりなくですか？

エンジン特性も排気音も異なるので、排気量の差自体は感じられるかどうかわかりませんが、その前に車体の軽さに驚きます。

加速ではあまり感じないと思いますが最高速では顕著に感じると思いますよ。 mt-09はマスターオブトルクの名の通りトルク、つまり加速重視のエンジンです。気を抜いてアクセル回すと体が置いていかれます。 対してss系のエンジンを少し低回転からトルク出るようにしたとはいえリッターマルチの高回転の伸びはスピードの向こう側ってこれの事？と錯覚するほどです。

気筒数の違いは、出力特性の差になります。 高速で100キロ過ぎて、パワーバンドを使って加速すれば、わずかですが差をつけられます。 重心の位置とか、コーナリングでも差が出てきます。 単純に排気量の問題ではなく、味付けが大きく違います。