EnrichrとclusterProfilerを使った変動遺伝子解析の初手 - Qiita

EnrichrとclusterProfilerを使った変動遺伝子解析の初手 - Qiita

概要 EnrichrからGene set libraryをダウンロードしてくる。 RのパッケージClusterProfilerで、ダウンロ...概要を表示 概要 EnrichrからGene set libraryをダウンロードしてくる。 RのパッケージClusterProfilerで、ダウンロードしてきたライブラリを元にエンリッチメント解析を行う。 解析結果のテキストと図を出力する。図の幅は自動調整する。 計算に時間がかかるので並列計算を行う。 背景 RNA-seq等で興味のある遺伝子リストの特徴を簡単に調べるには、Enrichr、Targetmine、metascapeなどのウェブツールに自分の遺伝子リストをコピペすれば良いかと思います。特にEnrichrはGene Ontologyだけでなく、GEOに登録された各種シークエンス・マイクロアレイデータからNIHグラントを取った研究者の情報、最近ではCOVID-19に関する情報など多様なデータを用いたエンリッチメント解析が行えるのが強みです。 しかしながら、metascape以外の２者は単一の