個人的にはEC-CUBEのモジュールがどのように作成され、
インストールされるのかは存じあげないが、
EC-CUBEのモジュールをインストールすると、既存のプログラムが上書き保存されてしまうのだ。
差分だけマージされるとか、そういう細かい芸は無い。
jQueryのプラグインと違って、PHPの場合はこの辺は仕方ないのか？

まぁ、取りあえずモジュールをインストールする時は、
既存のプログラムは、しっかりバックアップして、
どのようなファイルが上書きされたかチェックした方が良さそうだ。

男は名前を付けて保存、女は上書き保存、
そして、EC-CUBEも上書き保存、ということだ。