行政法は詳しくないので、各方面の知見に感謝。

多忙の中で、とてもよい知見に出会えたので、関連のリンクを紹介しておく。
田中文部科学大臣のやったことは、事後法の禁止*1の原則に違反していると思われる。→『‘æ39ð@‘k‹yˆ”±‚Ì‹ÖŽ~AˆêŽ–•sÄ—@/@‚Í‚¶‚ß‚Ä‚Ì“ú–{‘Œ›–@』

第３章　国民の権利及び義務
第39条　【遡及処罰の禁止、一事不再理】

　何人も、実行の時に適法であつた行為又は既に無罪とされた行為については、刑事上の責任を問はれない。 　又、同一の犯罪について、重ねて刑事上の責任を問はれない。

http://www009.upp.so-net.ne.jp/law/k0039.html

勿論、これは刑事法の話ではあるので、この内容自体が本件に関係するわけではないが、現在正しいとされている原則に従って運用されている内容を、勝手に変更して波及させることは、法原則の考え方から外れる、後出しじゃんけんの理屈だと考える。

現行法の他の認可に類しての法学の先生の知見は良い勉強となった。

『田中真紀子大臣が下した大学設置不認可の決定に対する東大玉井教授の見解 - Togetter』
『再掲・田中文科相による大学新設不認可に対する法的措置についての授業 - Togetter』

...なお、一部のコメント欄で、私が恥を晒しているが、損害賠償以外に、適法であっても損害を補う「損失補填*2」の考えもあります。高速道路の建設による騒音や、ダムの建設による住宅の移転等、そういう概念もありますよね。ちょっと誤解したコメントをしてしまって、申し訳なかったです。

また、大学の認可に関して、実際上の運用は準則主義になっているそうですね。『田中眞紀子文部科学大臣が来春新設の大学認可を見送り、波紋が広がる - Clear Consideration（大学職員の教育分析）』より。

現在の大学設置認可制度は準則主義です。準則主義を簡単に説明すると、法令にて定められた要件を満たしていれば主務官庁が認可を付与する仕組みのことです。逆に要件を満たしている場合には認可をしなければいけないのが、準則主義の大きな特徴です。

http://d.hatena.ne.jp/high190/20121102/p1

各方面で、落しどころを考察しているようだが、三大学の関係者にとっては、非常に大変な事態になっているようだ。早めの対処をお願いしたい。
新基準を今、策定とか言っているようだが、改革ならちゃんとした改革をして欲しい。...今やったら、稚拙な内容となりそうなので、ひとまず本件は認可した後、その後の事例で考えて欲しい。

*1:これ自体は罪刑法定主義とかと並ぶ、刑法の概念だが、法自体が過去の行為を規定しないのは、他の法体系でも同様と考える。

*2:『損失補償 | 法律事務所・弁護士への相談ならLegalus』