原神2が出て主人公が双子の片割れに切り替わったらこれまで集めたキャラは使えなくなる可能性はありますか？

仮に完全新作として出るならもう使えなくなるでしょうね。 しかしホヨバースは基本的に「第二部」に移行するので同じソフトのままコンテンツが追加されていくでしょう。 つまり入手キャラやアイテムもそのままの可能性が高いです。