Python: SciPyã§ARPACKを利用ã™ã‚‹SciPyã§å›ºæœ‰å€¤ãƒ»å›ºæœ‰ãƒ™ã‚¯ãƒˆãƒ«ã‚’求ã‚ã‚‹å ´åˆã€scipy.linalg.eigを利用ã™ã‚‹ã€‚SciPy自体ã€LAPACKを使ã£ã¦ãŠã‚Šã€å¤§æŠµã®å ´åˆã¯å•é¡ŒãŒãªã„。ã—ã‹ã—ã€å·¨å¤§ãªè¡Œåˆ—ã§ã®å›ºæœ‰å€¤å•é¡Œã‚’解ãå ´åˆã€ãƒ¡ãƒ¢ãƒªãªã©ã®é–¢ä¿‚ã§è¨ˆç®—ãŒç ´ç¶»ã™ã‚‹å ´åˆãŒã‚る。FORTRANã§ã‚ã‚Œã°ã€ARPACKãŒåˆ©ç”¨ã•ã‚Œã‚‹ã“ã¨ãŒå¤šã„。 SciPyã§ã¯ç¾æ™‚点ã§ARPACKã®åˆ©ç”¨ã¯ã§ããªã„。ã—ã‹ã—ã€é–‹ç™ºãƒãƒ¼ã‚¸ãƒ§ãƒ³ã«ãŠã„ã¦ã¯ã€æ—¢ã«ARPACKã®ãƒ©ãƒƒãƒ‘ーãŒæä¾›ã•ã‚Œã¦ãŠã‚Šã€ç–Žè¡Œåˆ—演算ã®ãƒ¢ã‚¸ãƒ¥ãƒ¼ãƒ«ç¾¤ã§ã‚ã‚‹scipy.splinalgã®scipy.splinalg.eigenを利用ã™ã‚‹ã“ã¨ã«ãªã‚‹ã€‚ 個人的ã«ã€åˆ†å動力å¦(MD)計算ã«ã‚ˆã‚‹ã‚¿ãƒ³ãƒ‘ク質座標データã®è»Œè·¡ã«å¯¾ã—ã¦ä¸»æˆåˆ†åˆ†æž(PCA)ã‚’è¡Œã„ãŸã‹ã£ãŸã®ã ãŒã€2GB程度ã®ãƒ¡ãƒ¢ãƒªã ã¨ã€scipy.linalg.eigã§ã¯ãƒ¡ãƒ¢ãƒªã‚ªãƒ¼ãƒãƒ¼ã§ç ´ç¶»ã—ã¦ã—ã¾ã£ãŸã€‚ãã“ã§ã€scipy.splina
{{#tags}}- {{label}}
{{/tags}}