次世代シークエンサー DRY解析教本: Level2-2 発現解析 - Qiita

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次世代シークエンサー DRY解析教本: Level2-2 発現解析 - Qiita

はじめに Bioinformaticianになるつもりはないが、仕事の関係上雰囲気だけでも理解しておきたい、という... はじめに Bioinformaticianになるつもりはないが、仕事の関係上雰囲気だけでも理解しておきたい、ということで次世代シークエンサー DRY解析教本を始めた。 Level2-2 発現解析まで辿り着いたものの、2019年現在 deprecatedなコマンドが存在しており、回避策が必要である。また、予備知識を残しておきたい気持ちもあり、メモを残すことにした。解析準備 homebrewでインストールできるものはhomebrewでインストールする。 brew tap brewsci/science brew tap brewsci/bio brew install fastqc brew install sratoolkit brew install samtools tophatは depreacated なので後継の hisat2 を使う。 brewからインストールを試みるが、Hi

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