答は二つあると思います。
①:世間の多くの人が相手を評価する時のモノサシは学歴ではなく「就職先」(稼ぎ)です。
ですから、その大学の卒業生の多くがろくな就職が出来ていない大学をFラン大学と言う事が多いのではありませんか。
企業から「4年歳食った高卒」(高校新卒より劣る)と見下されるような卒業生が多い大学という事です。
つまり、せっかく大学を出たのに、就職先がブラック企業だったり高卒の人でも容易に採用される中小企業に就職したり、正社員にすらなれず期間工やフリーターになる卒業生が多い大学をFラン大学と言う場合が多いと思います。
例えば、大学新卒で低待遇な中小零細企業に就職する人を見て、「どこの大学出身?」「○○大学卒だそうよ」…という話が多くなると、その○○大学はFラン大学となるのではありませんか。
つまり、大学の卒業生自身がろくでもない就職をすると自分の母校を評価を下げるという事です。
逆に、大学の卒業生自身の就職先が良ければ大学の評価が上がるので、良い就職をする卒業生が多ければ例え偏差値が低くてもFラン大学とは言わない場合が多いと思います。
②:本人がろくな就職が出来なていない人の場合。
自分の無能を直視せずに良い就職が出来ない人は、その責任を学歴に転嫁する場合が多い。
それゆえ、自分の卒業した大学レベルを「Fラン大学」とする場合があるのではありませんか。
✾参考
高卒で就職した人が大卒で就職したのに自分より低待遇な仕事で働いているのを大勢見れば、その様な大卒の人が卒業した大学を「Fラン大学」と思うのは普通ではありませんか。