打つ手はないと思います。
まず、キャンセル料の規定を確認し、50%のキャンセル料が正しいかを確認してください。
予約完了メールなどに記載があります。
規定上で50%が正しいならば、50%の請求(返金の減額)があるのは正しいので、何もできません。
最初の問い合わせの回答が正しかったのかについては、何らかの会話の齟齬があったかと思います。
複雑な事情の相談ならともかく、キャンセル料というよくある質問でバス会社側が回答を間違えるとは考えにくいです。
キャンセル料がかからないのは、おそらく、乗車日が一定日数(8~11日くらい)先か、支払前かです。
電話相手がそのように理解しかねない発言はありませんでしたか。
例えば、次のような会話はなかったでしょうか。
バス会社「お支払いはお済みですか」
質問者さん「まだしていません」
バス会社「でしたらキャンセル料は一切かかりません」
支払をしていなければキャンセル料はかからないので、バス会社の回答は正しいです。
しかし、質問者さんが、クレジットカード、ペイディ、キャリア決済、などで高速バス代を決済していて、決済サービスに対する支払いをまだしていないという意味で「まだしていません」と発言したのであれば、その発言が間違いです。
決済サービスを利用したことが、バス会社に対する支払いを意味するので、支払い済みであると伝えるのが正しかったことになります。
以上は想像による一例ですが、こんな風に会話の齟齬があって、キャンセル料がかからないという(結果として事実と異なる)回答に繋がったのかなと思います。