協調フィルタリング、階層的クラスタリングからベイズ、機械学習、SVMなどの数学的・統計的な処理がコードで解説されている。 この本が素晴らしいのは、数式は巻末に掲載されているだけで基本的に文章と図とそれを実装したコードで解説されているという事で、そのまま書き写せば動かせるし、自分なりにちょっといじってみて違う結果が出したりできる。統計だけではなく、その前後つまりdel.icio.usのAPIを呼んだりHTMLスクレイピングしたりしてデータをコレクションし、統計結果をPython Imaging Libraryなどでビジュアライズする所までやってくれるので、頭からがっつり写経して今50ページまで来た。 数学的な処理を専門にやっている研究者はそれでは駄目だろうけど、俺の様なアプリケーションを作る側の人にとっては数学的な処理はブラックボックスで良い。具体的にはAVRやPSoCマイコンの中身に何が入

科学, ゲノム「テーラーメイド医療って前々から言ってるけど、ちっとも実用化されないね」と母にきかれたのが5年くらい前。患者の全ゲノムを読んで*1診断に役立てたらいいねという話だけど、なかなかその未来はやってこない。 Scienceの仲間のScience Translational Medicine論文。 Whole-Genome Sequencing for Optimized Patient Management Deep Sequencing of Patient Genomes for Disease Diagnosis: When Will It Become Routine? 紹介記事はこれ。 Genome study solves twins’ mystery condition : Nature News 読んでて20時か21時のテレビ番組で再現VTR作られてそうと思った。

パッケージ† pip や easy_install によるインストールの前に多くの外部ライブラリやfortranコンパイラなどが必要になるので，numpy等の科学技術計算パッケージをインストールするには以下のようなパッケージを一般には利用する： 商用（サポートなしなら無料でも利用できる） Anaconda：無料版でもIntel MKLが使える Enthought Canopy フリー Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packages (個人ベースの管理で非公式版) ↑ その他† pyvideo.org：PyCon, SciPy, PyData などの講演ビデオリンク集 100 numpy exercises：練習問題 Pythonidae：Python関連のライブラリのリンク集 SciPy Central：SciPy 関連コ

目次 >> TORQUE TORQUEのインストールと設定 TORQUE Resource Managerは計算機クラスターのジョブを管理するジョブスケジューラである。 現在は開発が停止したOpenPBSの後継ソフトであり、アップデートも頻繁に行われている。 開発元の詳細なマニュアルはここにある。 ここではUbuntu 12.04への導入方法を示す。 構成は、ジョブを管理するヘッドノード、および実際の計算を行う計算ノードから構成される。 今回は、node001がヘッドノードとなる。node001は計算ノードも兼用しており、計算ノードは001から005まである。 インストールは、apt-getで行える。 まず、ヘッドノードに、TORQUEサーバをインストールする。 $ sudo apt-get install torque-server Reading package lists... Do

私は皆さんに精神病院へ入院されんことをおすゝめしたい。精神病院には深夜のメイ想などゝいう古典的なるものは存在しないのである。深夜はみんな睡っています。睡らせてくださるのです。こういうのを神の力というのかも知れない。 精神病院には、持続睡眠療法という浦島太郎の弟分に当る古典的近代が実存致しているのです。この浦島次郎療法は鬱病とか麻薬中毒などに用いて卓効がある。さる強力な催眠薬を用いて人工的に一ヶ月ほど昏睡させるのである。僕のように日頃催眠薬を使いなれていた者には、きゝが遅れ、薬量も甚だ多量を要して、病院をまごつかせるが、それでも、結局、眠らされてしまう。平常催眠剤を使っていない人なら、効果はテキメンで、昏々と一ヶ月、まるまる眠りつゞける。食事は看護婦が流動物を流しこんでくれるから、その他モロモロのことも心配がいらないのである。 浦島太郎と違うところは、竜宮の門をくゞらないことで、一ヶ月目に、

The Power of Open: Stories of creators sharing knowledge, art, & data using Creative Commons - Creative Commons クリエイティブコモンズの多様な成功事例が The Power of Open という本にまとめられたとな。 CC についての本なんだから当然これ自体も CC の表示ライセンスで公開されているのだが、PDF ダウンロードのページを見たら、既に日本語版があるじゃないの！ 偉いぞ。 早速ダウンロードして読んでみたが、日本語版は純粋に文字だけで英語版のようなデザイン性が欠落しているのだが、内容的には一応一通り訳されてそう。

Transcriptome Sequencing and De Novo Analysis for Yesso Scallop (Patinopecten yessoensis) Posted by: RNA-Seq Blog Administrator in Transcriptome Sequenced June 27, 2011 5,943 Views Bivalves comprise 30,000 extant species, constituting the second largest group of mollusks. However, limited genetic research has focused on this group of animals so far, which is, in part, due to the lack of genomic re