NGS現場の会 第四回研究会 全員参加型セッション企画 お花見メタゲノムプロジェクト 日本全国ソメイヨシノの花の細菌叢を、みんなで集めて、シーケンスして、みんなで解析します。 サンプリングから解析・成果発表まで、あなたも参加しませんか？ 全国各地から、サンプルの送付をいただきありがとうございました。 ただいまシーケンスを行っています。データの配布までしばらくお待ちください。 サンプル情報の登録についてはこちら

今回は配列をアセンブルするときの指標に使うN50とNG50について少しまとめてみようと思う． 前置き アセンブリというのはシーケンサで得られる短い配列から元のゲノム配列を復元する作業のことで，例えるならば膨大な数のジグソーパズルを形を頼りに完成させるとか，シュレッダーに掛けられて短冊になった書類を元に戻す作業といえる．これだけ聞くと頑張ればできそうな気がするが，実際には使える情報はATGCの配列だけと非常に限られており，場所によっては同じ文字が延々と続く箇所があったり，時々文字が間違っていたりと，手作業では不可能に近いし何より計算機を使ったとしても非常に難しい．それに加えて，そもそも元あった状態である解答を誰も知らないので，結果が合っているかどうかも分からず，答え合わせ（評価）がしづらいということがある． このアセンブリの評価に関しては，Assemblathonというゲノムアセンブラの精度

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ひさびさのブログ更新です。明日は年度の始めで忙しそうなので、今日書いておきます。 2013/03/31をもちまして理研CDBを退職しました。4/1からは埼玉県和光市にある、理研本所の情報基盤センターにて、バイオインフォマティクス研究開発ユニットという研究室をユニットリーダーとして主宰することになりました。 DNAシーケンスのデータ解析の手法、ソフトウェア、そして実験技術の開発を中心に研究を進めつつ、理研内外の実験生物学者と共同で生命科学の問題を解いていきます。また理研のバイオインフォマティクスをどのように支え、発展させていくかを考えることも求められています。みなさまのお力をお借りすることもあるかと思いますので、これからもどうぞよろしくお願い致します。 ラボの公式ウェブサイトは以下にあります。 独立行政法人 理化学研究所 情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット

微生物ゲノムシリーズ： 「16S ribosomal RNA遺伝子から始める腸内細菌叢解析」 森永乳業株式会社 食品基盤研究所 生物機能研究部　小田巻 俊孝 博士

I am often asked for a good NGS reference, or references that explain the technology used in next generation sequencing experiments. I have gathered together a list of my favourites over the past few years and thought readers of this blog might like to see what I'd recommend. I would be very interested to hear if you think I should include other references and if so why. General reviews: Applicati

Lucy DNA sequence quality and vector trimming tool Lucy was designed and written at The Institute for Genomic Research (TIGR, now the J. Craig Venter Institute), and it has been used here for several years to clean sequence data from automated DNA sequencers prior to sequence assembly and other downstream uses.  The quality trimming portion of lucy makes use of phred quality scores, such as those