This post covers the units used in RNA-Seq that are, unfortunately, often misused and misunderstood. I’ll try to clear up a bit of the confusion here. The first thing one should remember is that without between sample normalization (a topic for a later post), NONE of these units are comparable across experiments. This is a result of RNA-Seq being a relative measurement, not an absolute one. Prelim

[更新版を書いています] abs-0110.hatenablog.com 自分のメモ用と，あとは要望があったので 最近インフォ界隈で発現量解析のソフトで盛り上がりを見せているソフトの[kallisto]とそのパイプライン下流の発現変動の有意差検定を行う[sleuth]．早さと正確さが売りになっているみたいです． patcherラボのブログ記事を見るとそれぞれのアルゴリズムがわかりますkallisto sleuth 僕なりの理解ですと，kallistoではトランスリプトームをk-mer (デフォだと31)にわけてde Bruijn graphを作って，それに対してfastqを当ててる感じです．有名なtophat/bowtieなどは全bpをアライメントしていくので非常に遅くなってしまうのですが，kallistoはこれらのアルゴリズムと比べて爆発的に早くなっています．そのため，なんとbootst

Velvet や ABySS などの代表的な de novo アセンブリツールでは、アルゴリズムに de Bruijn Graph というのを使っているそうです。どうやってアセンブルしているんだろう？と興味を持っていたので、元ネタの An Eulerian path approach to DNA fragment assembly を読んでみたんですが、その発想のすごさに度肝を抜かれました。せっかくなので、ここで簡単に説明してみたいと思います。 ケーニヒスベルクの橋 まずはグラフ理論の説明から。グラフ理論は、18世紀にオイラーという数学者が「ケーニヒスベルクの橋」という問題を解くために考え出したといわれています。 「ケーニヒスベルクの橋」は、次のような問題です。 18世紀の初めごろにプロイセン王国の首都であるケーニヒスベルクという大きな町があった。この町の中央には、プレーゲル川という大き