AlphaFoldでタンパク質-環状ペプチド複合体構造予測する方法

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AlphaFoldでタンパク質-環状ペプチド複合体構造予測する方法

こちらの記事は創薬 (dry) Advent Calendar 2023　7日目の記事です。今回の記事ではAlphaFoldを用いて... こちらの記事は創薬 (dry) Advent Calendar 2023　7日目の記事です。今回の記事ではAlphaFoldを用いて、従来不可能とされていたタンパク質-環状ペプチド複合体構造を予測可能にした手法について記事を書きます。はじめてZennを使うので、見づらい部分があるかもしれませんがご容赦ください。 AlphaFoldが何かを知らない方も含めてわかるように歴史も含めて書きます。 2023-12-23追記：偶数奇数を考慮したoffsetのベンチマーク関連 2023-12-23追記：上記は間違いの実装でした。修正中 2023-12-23追記：修正したので、　ベンチマークの最終結果を載せました AlphaFoldとは AlphaFoldは、2021年にNatureにそのアーキテクチャーと詳細のアルゴリズムが公開された[1]。また、同時にAlphaFold v2.0.0がGitH

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tetrahymena2024/01/11

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