九州新幹線長崎ルートの開業に伴う並行在来線（肥前山口―諫早間）に関し、２００８年４月に佐賀、長崎両県が鉄道施設の維持管理で合意した「佐賀１対長崎２」の負担割合について、長崎県側が難色を示している。想定していた年間２億３千万円の費用が、資材費や労務費の高騰などで上振れする見通しになっているため。