DBCLS
ã—ã°ã‚‰ãå‰ã«DBCLSã§ã‚„ã£ã¦ã„る仕事ã«ã¤ã„ã¦ã®ãƒ–ãƒã‚°ã‚’WordPressã§ç«‹ã¡ä¸Šã’ã¾ã—ãŸï¼Žèˆˆå‘³ãŒã‚ã‚‹æ–¹ã¯ãœã²ã”覧ãã ã•ã„． g86 has gone.
ãƒã‚¤ãƒˆæ—¥è¨˜ï¼Ž リファクタリング続ã ãŒã‚“ã°ã‚‹ï¼Ž ãªã‚‹ã¹ãメソッドを分割ã—ã¦unit testã—ã‚„ã™ã„よã†ã«ï¼Ž
ãƒã‚¤ãƒˆæ—¥è¨˜åŒ–ã—ã¤ã¤ã‚る． Cufflinksã®å®Ÿè¡Œæ–¹æ³•ã«ã¤ã„ã¦å†æ¤œè¨Ž éºä¼å発ç¾ã‚’見るãŸã‚ã®ãƒ„ール「Cufflinks〠http://cufflinks.cbcb.umd.edu/index.html 対処法を相談ã—ãŸçµæžœ → http://d.hatena.ne.jp/yag_ays/20100611/1276224172 今ã¾ã§æ›¸ã„ãŸã‚³ãƒ¼ãƒ‰ã®ãƒªãƒ•â€¦
ãƒã‚¤ãƒˆã§ã‚„ã£ãŸã“ã¨ã®ãƒ¡ãƒ¢ï¼Ž SGE用ジョブ投入スクリプトã®Bowtieã¸ã®å¯¾å¿œ マッピングツールBowtieをクラスタ環境ã§åˆ†æ•£å‡¦ç†ã§ãるよã†ã«ã™ã‚‹ http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml 自作ã®SGE用ジョブ投入スクリプトgmapを改変ã—ã¦å¯¾å¿œã™ã‚‹ gmapã¯â€¦
ãƒã‚¤ãƒˆã§ã‚„ã£ãŸã“ã¨ã®ãƒ¡ãƒ¢ãƒ¡ãƒ¢ï¼Ž SOAPalsを使ã„ãŸã„ An ab initio detector of alternative splicing events with RNA-Seq. http://soap.genomics.org.cn/soapals.html ドã‚ュメントã«æ›¸ã„ã¦ã‚ã‚‹æƒ…å ±ãŒè¶³ã‚Šãªãã¦ä½¿ã„æ–¹ãŒåˆ†ã‹ã‚‰ãªã„ 「"<insert length>" is the length of t</insert>…
ãƒã‚¤ãƒˆã§ã‚„ã£ãŸã“ã¨ã®ãƒ¡ãƒ¢ï¼Ž SOAPalsを使ㆠAn ab initio detector of alternative splicing events with RNA-Seq. http://soap.genomics.org.cn/soapals.html reference genomeã®indexファイルを作る必è¦ã‚ã‚Š indexファイルãŒSOAPalignerã®ã‚„ã¤ã¨äº’æ›æ€§ãŒãªâ€¦
