La saison 1999 du Championnat du Pérou de football est la soixante-et-onzième édition du championnat de première division au Pérou. La compétition regroupe les douze meilleures équipes du pays.
La saison est scindée en deux tournois indépendants :
Tournoi ouverture : les douze équipes sont regroupées au sein d'une poule unique où elles s'affrontent deux fois, à domicile et à l'extérieur. Le club en tête du classement se qualifie pour la finale nationale.
Tournoi clôture : les douze équipes sont regroupés au sein d'une poule unique où elles s'affrontent deux fois, à domicile et à l'extérieur. Le club en tête du classement se qualifie pour la finale nationale, sauf s'il a déjà remporté le tournoi ouverture, auquel cas il est automatiquement sacré champion.
Un classement cumulé des deux tournois permet de déterminer le club relégué et celui qui doit participer au barrage de promotion-relégation face au deuxième de Segunda División, ainsi que le troisième club qualifié en Copa Libertadores (place réservée au club le mieux placé du classement cumulé).
C'est le club d'Universitario de Deportes, tenant du titre, qui remporte à nouveau la compétition après avoir gagné le tournoi Ouverture puis battu l'Alianza Lima en finale nationale. C'est le 23e titre de champion du Pérou de l'histoire du club.