La saison 1999 du Championnat du Soudan de football est la trente-cinquième édition de la première division au Soudan, organisée exceptionnellement cette saison en deux phases et d'une durée de six mois. Le championnat est disputé en deux phases distinctes :
Lors de la première phase, les quatorze équipes sont réparties en deux poules, où elles affrontent leurs adversaires deux fois, à domicile et à l'extérieur. Les deux premiers de chaque poule se qualifient pour la seconde phase, le dernier est quant à lui relégué en deuxième division.
La seconde phase réunit les quatre équipes qualifiées en une poule pour le titre où elles ne s'affrontent qu'une seule fois. Le vainqueur de la poule se qualifie pour la Ligue des champions de la CAF 2000.
C'est le tenant du titre, Al Hilal Omdurman, qui remporte à nouveau le championnat cette saison après avoir terminé en tête de la poule finale, avec une meilleure différence de buts qu'Hai al-Arab port Soudan et Al-Mourada SC. C'est le 15e titre de champion du Soudan de l'histoire du club.
