新幹線で、駅ではもう指定席は満席と言われた日付の指定席チケットが、インターネットのサイトでは買えるのはなぜなのでしょうか？

駅で満席であるならネット上でも買えません。 正規の販売サイトである限りはマルス(座席管理システム)に接続されているため、空席照会をすれば駅と同様の結果が返ってきます。故に駅で満席と言われたのならば、ネットで空席照会しても結果は満席です。 恐らくたまたま直近で払い戻されたきっぷがあったのかと。