ガスガンのエジェクションポートを開けっぱなしで片付けてしまい貼ってあるスポンジが完全に潰れてしまったんですけど潰れてないものに変えた方がいいのでしょうか?

気になるようなら交換すると良いでしょう。 交換しなくても、動作は変わりません。 そのまま使っていくとロアフレームのエジェクションポートカバーの当たる所が塗装ハゲするので、綺麗に使うなら交換したほうが良いでしょう。