テッドファロが設計したAIを搭載した戦闘用兵器の暴走(植物や動物から燃料を生成する機能がある)により人類への攻撃と自然の大量消費が行われて人類と地球環境の絶滅が間近に迫った状況になってしまう
そんな中で以前はファロの企業で部下として働いていた天才科学者のエリザベト・ソベック(アーロイのオリジナル)が発案したゼロ・ドーン計画のために招集した世界中の天才達の助けを借りて結成したアルファという組織によりガイア・プライムという超高性能AI施設を設計
ガイアは9種類のそれぞれが地球環境や新人類の立て直しに必要な機能を持った副次機能と世界中に建設された機械炉で成り立っています
しかしアルファの面々が知らないうちに作られていた最上位権限のオメガ権限をもつファロにより、新人類に現代人類と同レベルの高度な知能を与える教育プログラムのアポロの教育で自身の失態を知られて新人類が築く後世に戦犯として名前を残して覚えられたくないと考えたファロの工作によりアポロは削除されてしまう
オメガ権限自体はエリザベトも承諾した上で設定されたものではありますが、1人の人格としてガイアを見ていたエリザベトとしては殺害コードを作る必要性こそ感じても好意的には思えなかったためアルファの面々に公開はできず、エリザベトとファロの2人のみがこれを有していたため権限を濫用したファロの凶行を止めることができないままアポロの削除後にアルファのメンバーをガイアプライム(ガイアのAIが搭載された施設本体)の隔壁に閉じ込めて酸素を排出することで窒息させて全員が殺害されてしまう
これによりガイアはアポロが欠けたまま立て直し不可能になってしまう
エリザベトは施設外部にあるガイアの不具合を修理しにでていたのでファロの陰謀により窒息で死にはしませんでしたが故に止めることもできず、スーツの生命維持にも限界がありそのまま死亡
こうしてアポロを除き他の機能は健在なまま新人類には知識を与えられずにガイアが機能しており、人類は作り出されはしたものの、外の世界に放り出された人類は作中のように原始的な生活を余儀なくされることになってしまった
作中の世界では副次機能のハデス、へファイストスが暴走している状態です
ハデスはテラフォーミングに失敗した際のことを想定して作られた地球上の自然と生命を絶滅させるリセット機能で、ゼロドーン以前に人類を絶滅させる原因になった軍事兵器を止めるために作られた巨大な通信施設(作中では導きの塔と呼ばれるもの)を使ってミネルヴァが暗号解読を行い一斉に機械に停止信号を送り込んで機能停止させましたが、逆にハデスにより兵器を再起動させられて停止したまま地中に埋まっていたコラプターやデスブリンガーの群れが発生したのが1作目終盤の戦争中の出来事
同様にへファイストスも機械獣を狩る原始的な人類に対抗するためにテラフォーミング目的以外の戦闘用機械獣を生み出している状態
その他も含め副次機能は2作目でわかりますがある理由で自我に目覚めており、作中の約20年ほど昔に発生したハデスの暴走を食い止めようとしたガイアがガイアプライムを自爆させる
この直前に新人類を作り出す施設にエリザベト・ソベックのクローン、つまりアーロイを生み出す命令を行いガイアは副次機能ごと消滅し、アーロイがガイアを再構築する使命を託す
一方吹き飛んだハデスは硬い殻のような球体に守られているので内部は損壊してはいないものの単独で活動することはできないまま埋まっていたところをサイレンスに掘り起こされてハデスが持つ知識と引き換えにサイレンスが修復やハデスの手足となるシャドウカージャを支配して生命の絶滅を目的に導きの塔を狙う
1作目ではアーロイの活躍によりハデスと絶滅信号の停止を行い、ハデス本体はサイレンスに回収されるという終わり方
2作目では1作目で明かされたアーロイの使命を果たすべく、損壊したガイアを修復するために何処かにあるかもしれないバックアップを回収する旅に出ている状態から始まります