はい、おっしゃる通りです。 ① "I would go if you were going."は、現在の事実に基づいて条件を表しています。つまり、「あなたが行く予定だったら、私も行くつもりだった」という意味になります。この場合、話し手は実際には行く予定がないことが暗示されています。 一方、② "I would go if you went."は、過去の事実に基づいて条件を表しています。つまり、「もしあなたが行ったのであれば、私も行ったであろう」という意味になります。この場合、話し手は実際に行くかどうかについて、まだ決めていないことが暗示されています。 要するに、①は行かないことが決まっている場合、②は行くかどうかまだ決めていない場合に使われる表現です。条件文の時制の使い分けが重要な違いとなります。