この施設をめぐっては、事故や自然災害などで病原体が外部に漏れ出すおそれがあるとして周辺住民などから反対する声も上がっているが、須齋正幸副学長は「概算要求に盛り込まれたということで、事業に一定の評価を得られたと考えている。予算がつく、つかないにかかわらず、住民の不安が解消できるようにきちんと調査を進めていきたい」と話しているという。
以上、

ＢＳＬ－４研究施設は、日本にも２ヶ所あったが、万が一のことを心配して住民が反対運動を起こし、格下げ研究施設になり、存在しない。
そこで長崎大学は、付属病院の敷地内にＢＳＬ－４施設建設を計画している。当然、国は願ったりかなったりであり、建設予算はすぐ付くものと思われる。

しかし、「観光都市長崎｣、一旦、ＢＳＬ－４施設で問題が生じた場合、観光業者にとって壊滅的な影響を受ける可能性が高い。

長崎県には、東シナ海に向け多くの島々があり、そうした島など隔離された場所でのＢＳＬ－４施設の建造では、万が一の問題も少ないだろうが、市内での研究施設建造は問題がありすぎるのではなかろうか。
世界の大学でもＢＳＬ－４研究施設はある。しかし、そうした大学等の研究施設は、広大な敷地内の一角にあり、狭い日本の大学施設のような場所には建造されていない。
世界の大学にはこうした研究施設があるとするだけで、施設建造はリスクが多すぎると思えてならない。
一部の市民を除き長崎市民も、長崎観光業者も無関心すぎるのではなかろうか。
エボラ出血熱ウイルスの西アフリカでの拡がりは、一向に収束の気配を見せず、約３０００人の感染者が２万人まで拡大するＷＨＯは警告している。致死率６０～80％とされている。

レベル４の実験室がある国は限られており、日本では国立感染症研究所と理化学研究所筑波研究所にレベル４実験室が設置されていたが、近隣住民の反対によってレベル３での運用のみ行なわれている。
そうした中、長崎大学が手を上げた。
ＢＳＬ－４研究施設は世界に４２ヶ所ある。
特に米国に多いのは、細菌（病原菌）戦争を否定できないところにもある。

グローバル化した世界にあり当然、日本にも研究施設が必要だが、長崎市内のド真ん中に、防御ワクチンも治療薬もない最高危険度の病原菌を扱うＢＳＬ－４施設を造るのはいかがなものかと思われてならない。
また、現在のフクシマの東電に見るように、万が一のことを想定すれば、純国立での研究施設の取り扱いが必要だろう。万が一パニックになった場合、長崎大学では限界があり、長崎大学そのものがパニックに陥ってしまおう。