それでは解決策の方法ですが

今回問題となっているサイドバー部分の大元となり width プロパティで横幅を指定してある div#secondary-column に CSS で overflow : hidden; を適用させてください。

何故これで解決するのか理由は分らないのですが、これで IE6 でも display:block させたリンクが落ち着きます。

ご存知ない方へ念のため説明させて頂くと overflow プロパティとは、ブロックレベル要素（今回 div#secondary-column）内にある要素が width 指定された幅や height 指定された高さの領域からはみ出した時の表示方法を指定する為のプロパティです。

また、値の hidden は指定された表示領域を超えた要素のはみ出した部分はスクロールバーを表示させずカットすると言った指定になります。

今回のテンプレートのサイドバー部分のデフォルトの width は 180px です。

つまり 180px 以上のモノ、例えば 200px のモノをサイドバー内に入れた時、はみ出した 20px はスクロールバーも表示されず見えなくなることをご理解ください。

ちなみに div#secondary-column は FC2 ブログの管理画面で編集可能なスタイルシート（style.css）の 324 行目付近にあります。

また、上記の修正を行う方は、右側のサイドバー部分となる 332 行目付近の div#extra-column にも同じように overflow : hidden; を追加しておいても良いかも知れません。

配布中のテンプレートにも overflow : hidden; を追加しておこうか悩んだのですが、発生条件も何故解決するのかもイマイチ分らない方法なので現状維持としています。

念のため上記の修正のサンプルソースを下に記載しておきます。

/* プラグインなどを内包【secondary-column】 */
div#secondary-column {
	overflow : hidden; /* for IE6 */
	float : left; /* 左側へ */
	width : 180px;
	text-align : left;
	background-color : #f4f5ee;
}

/* プラグインなどを内包【extra-column】 */
div#extra-column {
	overflow : hidden; /* for IE6 */
	float : right; /* 右側へ */
	width : 180px;
	text-align : left;
	background-color : #f4f5ee;
}

●自分へのメモ
テンプレートの CSS はプロパティの込み入ったセレクタの使用はなるべく避けた方が良さそう。HTML 内に div 要素を増やす方向が吉？ネガティブマージンもしばらく注意。