株式会社アトラスが、2012年5月29日に、「日本語論文 to Mendeley」というツールを公開しました。文献管理ツールMendeleyでは、日本語論文のPDFをインポートした際に書誌事項がうまく登録されないことがあるそうですが、「日本語論文 to Mendeley」はそのような問題をCiNii APIを活用して改善したツールとのことです。

日本語論文 to Mendeley
http://addon.ej-labo.jp/mendeley/top

日本語論文を正確にMendeleyに取り込む“日本語論文 to Mendeley”のご紹介（でじラボ 2012/5/29付け記事）
http://www.ej-labo.jp/joee31bu3-13/#_13

参考：
PubMed・J-STAGE・CiNii・PLoSを同時検索できるiPhone／Androidアプリ「論文検索」に無料版が登場
http://current.ndl.go.jp/node/20592

PubMed、J-STAGE、CiNiiを同時に検索できるiPhoneアプリ「論文検索」がアップデート、Android版もリリースされる
http://current.ndl.go.jp/node/19831

株式会社アトラス、PubMed・J-STAGE・CiNiiを同時に検索できるiPhoneアプリ「論文検索」をリリース
http://current.ndl.go.jp/node/19466