米Alphabet傘下の英DeepMindが、遺伝子配列情報からタンパク質の立体構造を解析するAI「AlphaFold v2.0」（以下、AlphaFold2）をGitHub上で無償公開し、ネット上で注目を集めている。Twitterを利用する生物系の研究者からは「革命的な成果だ」「これからの研究の前提が変わっていく」など、AlphaFold2の予測精度に対して驚きの声が相次いだ。 なぜAlphaFold2はこれほどの驚きや賞賛をもって迎えられているのか。タンパク質構造解析の難しさをひも解く。 未知の部分が多いタンパク質の構造 タンパク質は数十種類のアミノ酸からできており、配列によってさまざまな性質に変化する。例えば筋肉、消化酵素、髪の毛はそれぞれ役割が異なるが、いずれもタンパク質で作られている。タンパク質の構造が分かれば、生体内の化学反応の理解が進む。アルツハイマー型認知症やパーキンソン病

5月13 「C2」が合成された話 カテゴリ:有機化学構造 有機化学は、いうまでもなく炭素原子を中心とした化学の分野です。炭素は極めて奥深い可能性を持ちますが、やはり一つの元素を世界の化学者がよってたかって200年も研究しているわけですから、炭素だけから成る全く新しい化学種が出てくることは、今やそうそうありません。1985年に登場したフラーレンはその数少ない例の一つであり、だからこそ科学者は驚きと興奮を持ってこれを迎えたわけです。 しかし最近になり、「C2」という化学種がフラスコ内で作れることが報告されました（論文。オープンアクセスです）。東京大学の宮本和範准教授、内山真伸教授らの研究グループによる成果です。今回はこの何がすごいのか、ちょっと書いてみます。 水素や窒素、酸素といった元素は、それぞれH2、N2、O2といった二原子分子を作り、これらはいずれも安定に存在します。しかし炭素の二原子分

1月27 日本の「国化合物」 世界の国の多くには、その国を象徴する動植物が決められています。たとえば日本の国花はサクラ、国鳥はキジ、国魚は錦鯉なんだそうです。国獣も決まっている国が多いのですが、日本にはないようです。 このへんはご存じの方も多いと思いますが、たとえば「国石」もあることはあまり知られていないと思います。日本の国石は水晶で、かつて良質の水晶を産したことからだそうです。 水晶（石英）の結晶構造 国蝶はオオムラサキで、これは1957年に日本昆虫学会の総会で決められたのだそうです。何で蝶ばっかり、国蟻や国甲虫もあってもいいじゃないかという気もしますが、どうやらないようです。もし「国虫」を決めるなら、日本の別名を「秋津島」というくらいなので、トンボにすべきではないかと個人的には思います。 国蝶・オオムラサキのオス（Wikipediaより） 2006年には「国菌」も決まりました。日本醸造

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自然界に青色はたくさんあるけども､青い色素は少ない なぜ青色発光ダイオードがすごい発明かと言うと、青いバラがないように、自然界に青色が存在しないからなんだよね。絵画の世界でも17世紀のフェルメールが発明するまで青色の絵の具はなかった。自然界に青色がない理由を「神様が空を描くのに使いすぎたから」なんてロマンチックな話もあるけど。— 指南役 (@cynanyc) 2014, 10月 7 青色LEDがすごい発明な理由はノーベル物理学賞関連で散々語られているでしょう。主に窒化ガリウムの結晶化と半導体として利用するのが困難だったためです。青色LEDの技術のお陰で、輝度の高い緑色LEDが作れるようになり、ディスプレイなどへ利用できるようになりました。 その他に、ツッコミどことはたくさんありますが･･･ 例えば､青いバラがないのはバラという品種が青い色素を有しないからです｡ フェルメールが青い顔料を発明

ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki さて、こないだなっこさん（ @nacco_86400s ）から出題された「光合成で消費されるCO2のOと、生産されるO2のOは同じものじゃない」ってのがよく分かんないってお話について、解説な感じで話をしてみたいと思います。だいぶ長い話なので真夜中にうｐするのです。ごめんなさい。 ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki 光合成の化学反応式は 6CO2+12H2O+光エネルギー→C6H12O6＋6H2O＋6O2 で表されます。これは全体の反応についてまとめた反応式なので、左式の酸素原子と右式の酸素原子の由来がわかりにくいですね。だもんで個別の反応について解説していきます。 ぐるぐるうづまき @guruguruuzumaki 光合成は葉緑体で起きてるってのはご存知かと思うけど、図にするとこんな感じ。 http://t.co/Gc5G

ツイッターで収まる周期表→氫氦鋰鈹硼碳氮氧氟氖鈉鎂鋁矽磷硫氯氬鉀鈣鈧鈦釩鉻錳鐵鈷鎳銅鋅鎵鍺砷硒溴氪銣鍶釔鋯鈮鉬鎝釕銠鈀銀鎘銦錫銻碲碘氙銫鋇鑭鈰鐠釹鉕釤銪釓鋱鏑鈥鉺銩鐿鎦鉿鉭鎢錸鋨銥鉑金汞鉈鉛鉍釙砈氡鍅鐳錒釷鏷鈾錼鈽鋂鋦鉳鉲鑀鐨鍆鍩鐒鑪𨧀𨭎𨨏𨭆䥑鐽錀

｢乱暴なトリック｣で合成に成功！ 水素原子2億個分の質量を持つ史上最大の人工合成分子｢PG5｣2011.01.24 18:00 satomi いつかこれで命拾いするかもしれませんよ？ 直径10ナノメートル、水素原子2億個！ 人がつくった合成分子としては押しも押されぬ過去最大の合成分子｢PG5｣です。 生成に成功したのは、スイス連邦工科大学チューリッヒ校のDieter Schlüter氏率いる科学者のチームなんですが、人体の局所にターゲットを絞った薬の投与を可能にするオーダーメードの分子合成の次なる重要な一歩として熱い注目が集まってるんですよ。 これまではこういう巨大な合成分子は、生成を進めていくと、ある時点で自壊するのでサイズもケーパビリティも限られていました。が、PG5は別格。 これだけ大きなものが生成できたのは、独マインツのマックス・プランク高分子研究所のKlaus Mullen氏が｢

【放送事故】 報ステで古舘アナがベンゼン環図を間違え、ノーベル化学賞受賞の鈴木章さんが半切れ 867 名前： 商業(神奈川県)：2010/10/06(水) 23:13:56.74 ID:h5dC4jpQ0 （一部略） 古舘「先程VTRで流れた図が間違っておりました、左が間違いで、右が正しい図です 先生、これで宜しいですよね？」 鈴木「それも違います。さっき正しい図を書いて記者の方に渡しましたよ。 それが届いたでしょう？」 （しばらくのち） 古舘「（ようやく正しい図を出して）これでいいですか？」 鈴木「ああ、それであってます」 古舘「（ベンゼン環の間の線を指して）これがパラジウムなんですね？」 鈴木「アァッ！？」 古舘「…これが…パラジウム、なんですよね？」 鈴木「あぁ、もう、…つまり、最終的にはその図になるということです」 古舘「アハハ、まあ、ここに到るまでが複雑だということで」 鈴木「そ

7月4 化学パズル 化学という分野は、パズル的要素が多いと筆者は思っております。超分子化学、フラーレンなどは多面体パズルの要素を含みますし、NMRの解析なども非常にパズル的といえるでしょう。さらにいえば全合成という分野そのものも、自然が創り出した化合物を人の手でいかに効率よく造るかという、壮大なパズルともいえます。 というわけでこの分野にはパズル好きの人が多いようで、ニコリなど買い込んで、実験の合間に解いている人も見かけます。筆者もご多分に漏れず結構なパズル好きで、昔からその手の本をよく読んでいます。個人的にはスリザーリンクが一番得意ではあります。 で、最近「化学のパズルの本を出せないか」というお話をいただきました。化学者が息抜きに読めるような本、先生方が授業の小ネタに使えるような本、てなところを目指したいと思っています。 たとえばの話、川端先生のサイトで以前「デカンの75種の異性体を全て

2月22 メチレン炭素の酸化反応 すでにあらゆる反応が出尽くしたかとも思える有機合成の世界ですが、まだ満たされていない重要なニーズは存在します。その一つが、何も手がかりのないところに官能基を導入する手段でしょう。官能基から別の官能基への変換はいろいろな手がありますが、無から有を生み出すのはなかなか大変な仕事です。 ただのアルキル鎖に、選択的に官能基を導入する手段は昔から検討されてきました。三級炭素を酸化するのは中でも比較的簡単であり、オゾンや四酸化ルテニウムのような強力な酸化剤を用いることで実現できます。 R3C-H　→　R3C-OH また、炭素鎖の末端にホウ素官能基を導入する反応は、Hartwigらのグループによって2000年に報告されました。これは有機化学における歴史的ブレイクスルーの一つでしょう。詳しくは「化学者のつぶやき」さんの解説記事などご参照下さい。 しかし、実は二級炭素（メチ

12月10 有機化学界に押し寄せる萌えの波 先日、「グラフィカルアブストラクト」というエントリで、筆者は”近い将来「萌えGA」が出現するのではないかというのが自分の予想です。”とコメントしました。そしてその日は、案外早くやってきたようです。JOCの新着をチェックしていてコケた人も多いことでしょう。これです。 著者はアメリカとデンマークの先生ですが、ご覧の通り絵のタッチは欧米のものではありません。どう見ても、WabiとSabiに続く第3の日本の精神文化「Moe」を深く修めた者のみに可能な絵柄です。日本でも元素の擬人化本などがヒットしましたが、こちらは何とエンタルピーとエントロピーという、完全に抽象的な概念を擬人化してしまっています。Moeのスピリットは世界を制し、本家日本さえ上回ってしまったのかもしれません。 すでに生物学方面では、荒木飛呂彦氏の描いた絵がCell誌の表紙を飾った実例がありま

11月3 紫綬褒章 本日は文化の日。といえば秋の叙勲で、各界で活躍した人に褒賞が与えられるのが恒例になっています。これもいろいろ種類があって、たとえば紅綬褒章は人命救助をした人、紺綬褒章は個人ならば500万円以上の寄付をした人に与えられるそうです。他にも緑・黄・紺などの種類があるそうですので、興味のある方はWikipediaの「褒賞」の項目などご覧下さい。 もちろん、その中で一番有名なのは紫綬褒章で、スポーツ選手や芸能人に与えられることが多いため大きく報道されます。今年春はWBC日本代表、またこの秋には中島みゆきさんなどが受賞したことが大きく報じられました。 さてその今秋の叙勲では、紫綬褒章25人のうち、なんと化学者が4人を占めました。上村大輔（慶大理工）・中村栄一（東大理）・福山透（東大薬）・細野秀雄（東工大セラミックス研）の四氏です（細野先生は物理に近いかもしれませんが）。ということで