昔外務省で働いていました。犯罪者がパスポートの発給を拒否されるのは海外でもあることです。アメリカなんか特定の州の出入禁止になったりします。犯罪者が移動の自由を制限さるのは普通のことです。特に海外での犯罪活動が懸念される場合に拒否されます。
他国の例:Section 10 of the Canadian Passport Order — Refusal, Revocation, and Suspension
Germany: Passport may be refused if there is a risk of criminal activity abroad or evading prosecution (§ 7 Passgesetz).