JITCOの事業計画、予算等の基本事項は、理事会、評議員会で審議決定され、それに基づき事業を展開しています。具体的な事業を効率的かつ円滑に実施するため、以下の体制を整備しています。

本部には、「総務部」の他、各種の事業を実施する四事業部「申請支援部」「国際部」「実習支援部」「講習業務部」を設置しています。地方には、計9の地方駐在事務所・駐在事務室を設置しています。一般職員の他に専門職員（点検指導員、メンタルヘルスアドバイザー）を配置しています。