TNRC6A

TNRC6A
Ідентифікатори
Символи	TNRC6A, CAGH26, GW1, GW182, TNRC6, trinucleotide repeat containing 6A, FAME6, trinucleotide repeat containing adaptor 6A
Зовнішні ІД	OMIM: 610739 MGI: 2385292 HomoloGene: 41399 GeneCards: TNRC6A
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • RNA binding Клітинна компонента • цитоплазма • гіалоплазма • комплекс Ґольджі • внутрішньоклітинна мембранна органела • P-body • нуклеоплазма Біологічний процес • GO:0035194 РНК-інтерференція • gene silencing by miRNA • regulation of translation • miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation • Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway • Сайленсинг генів • GO:1905616 regulation of gene silencing by miRNA • regulation of megakaryocyte differentiation • cellular response to starvation • GO:1901313 positive regulation of gene expression • negative regulation of gene expression • positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	27327	233833
Ensembl	ENSG00000090905 ENSG00000288130	ENSMUSG00000052707
UniProt	Q8NDV7	Q3UHK8
RefSeq (мРНК)	NM_014494 NM_001330520 NM_001351850	NM_144925
RefSeq (білок)	NP_001317449 NP_055309 NP_001338779	NP_659174
Локус (UCSC)	Хр. 16: 24.61 – 24.83 Mb	Хр. 7: 122.72 – 122.79 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

TNRC6A (англ. Trinucleotide repeat containing 6A) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 16-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 962 амінокислот, а молекулярна маса — 210 297.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MRELEAKATK		DVERNLSRDL		VQEEEQLMEE		KKKKKDDKKK		KEAAQKKATE
QKIKVPEQIK		PSVSQPQPAN		SNNGTSTATS		TNNNAKRATA		NNQQPQQQQQ
QQQPQQQQPQ		QQPQPQPQQQ		QPQQQPQALP		RYPREVPPRF		RHQEHKQLLK
RGQHFPVIAA		NLGSAVKVLN		SQSESSALTN		QQPQNNGEVQ		NSKNQSDINH
STSGSHYENS		QRGPVSSTSD		SSTNCKNAVV		SDLSEKEAWP		SAPGSDPELA
SECMDADSAS		SSESERNITI		MASGNTGGEK		DGLRNSTGLG		SQNKFVVGSS
SNNVGHGSST		GPWGFSHGAI		ISTCQVSVDA		PESKSESSNN		RMNAWGTVSS
SSNGGLNPST		LNSASNHGAW		PVLENNGLAL		KGPVGSGSSG		INIQCSTIGQ
MPNNQSINSK		VSGGSTHGTW		GSLQETCESE		VSGTQKVSFS		GQPQNITTEM
TGPNNTTNFM		TSSLPNSGSV		QNNELPSSNT		GAWRVSTMNH		PQMQAPSGMN
GTSLSHLSNG		ESKSGGSYGT		TWGAYGSNYS		GDKCSGPNGQ		ANGDTVNATL
MQPGVNGPMG		TNFQVNTNKG		GGVWESGAAN		SQSTSWGSGN		GANSGGSRRG
WGTPAQNTGT		NLPSVEWNKL		PSNQHSNDSA		NGNGKTFTNG		WKSTEEEDQG
SATSQTNEQS		SVWAKTGGTV		ESDGSTESTG		RLEEKGTGES		QSRDRRKIDQ
HTLLQSIVNR		TDLDPRVLSN		SGWGQTPIKQ		NTAWDTETSP		RGERKTDNGT
EAWGSSATQT		FNSGACIDKT		SPNGNDTSSV		SGWGDPKPAL		RWGDSKGSNC
QGGWEDDSAA		TGMVKSNQWG		NCKEEKAAWN		DSQKNKQGWG		DGQKSSQGWS
VSASDNWGET		SRNNHWGEAN		KKSSSGGSDS		DRSVSGWNEL		GKTSSFTWGN
NINPNNSSGW		DESSKPTPSQ		GWGDPPKSNQ		SLGWGDSSKP		VSSPDWNKQQ
DIVGSWGIPP		ATGKPPGTGW		LGGPIPAPAK		EEEPTGWEEP		SPESIRRKME
IDDGTSAWGD		PSKYNYKNVN		MWNKNVPNGN		SRSDQQAQVH		QLLTPASAIS
NKEASSGSGW		GEPWGEPSTP		ATTVDNGTSA		WGKPIDSGPS		WGEPIAAASS
TSTWGSSSVG		PQALSKSGPK		SMQDGWCGDD		MPLPGNRPTG		WEEEEDVEIG
MWNSNSSQEL		NSSLNWPPYT		KKMSSKGLSG		KKRRRERGMM		KGGNKQEEAW
INPFVKQFSN		ISFSRDSPEE		NVQSNKMDLS		GGMLQDKRME		IDKHSLNIGD
YNRTVGKGPG		SRPQISKESS		MERNPYFDKD		GIVADESQNM		QFMSSQSMKL
PPSNSALPNQ		ALGSIAGLGM		QNLNSVRQNG		NPSMFGVGNT		AAQPRGMQQP
PAQPLSSSQP		NLRAQVPPPL		LSPQVPVSLL		KYAPNNGGLN		PLFGPQQVAM
LNQLSQLNQL		SQISQLQRLL		AQQQRAQSQR		SVPSGNRPQQ		DQQGRPLSVQ
QQMMQQSRQL		DPNLLVKQQT		PPSQQQPLHQ		PAMKSFLDNV		MPHTTPELQK
GPSPINAFSN		FPIGLNSNLN		VNMDMNSIKE		PQSRLRKWTT		VDSISVNTSL
DQNSSKHGAI		SSGFRLEESP		FVPYDFMNSS		TSPASPPGSI		GDGWPRAKSP
NGSSSVNWPP		EFRPGEPWKG		YPNIDPETDP		YVTPGSVINN		LSINTVREVD
HLRDRNSGSS		SSLNTTLPST		SAWSSIRASN		YNVPLSSTAQ		STSARNSDSK
LTWSPGSVTN		TSLAHELWKV		PLPPKNITAP		SRPPPGLTGQ		KPPLSTWDNS
PLRIGGGWGN		SDARYTPGSS		WGESSSGRIT		NWLVLKNLTP		QIDGSTLRTL
CMQHGPLITF		HLNLPHGNAL		VRYSSKEEVV		KAQKSLHMCV		LGNTTILAEF
ASEEEISRFF		AQSQSLTPSP		GWQSLGSSQS		RLGSLDCSHS		FSSRTDLNHW
NGAGLSGTNC		GDLHGTSLWG		TPHYSTSLWG		PPSSSDPRGI		SSPSPINAFL
SVDHLGGGGE		SM

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як регуляція трансляції, РНК-залежне заглушення генів, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
• Nagase T., Kikuno R., Ishikawa K., Hirosawa M., Ohara O. (2000). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 7: 143—150. PMID 10819331 doi:10.1093/dnares/7.2.143
• Sen G.L., Blau H.M. (2005). Argonaute 2/RISC resides in sites of mammalian mRNA decay known as cytoplasmic bodies. Nat. Cell Biol. 7: 633—636. PMID 15908945 doi:10.1038/ncb1265
• Wakiyama M., Takimoto K., Ohara O., Yokoyama S. (2007). Let-7 microRNA-mediated mRNA deadenylation and translational repression in a mammalian cell-free system. Genes Dev. 21: 1857—1862. PMID 17671087 doi:10.1101/gad.1566707
• Jagannath A., Wood M.J.A. (2009). Localization of double-stranded small interfering RNA to cytoplasmic processing bodies is Ago2 dependent and results in up-regulation of GW182 and Argonaute-2. Mol. Biol. Cell. 20: 521—529. PMID 18946079 doi:10.1091/mbc.E08-08-0796
• Zipprich J.T., Bhattacharyya S., Mathys H., Filipowicz W. (2009). Importance of the C-terminal domain of the human GW182 protein TNRC6C for translational repression. RNA. 15: 781—793. PMID 19304925 doi:10.1261/rna.1448009

Див. також

• Хромосома 16